中国-东盟自由贸易区的建成有利于云南通过自主创新体系和通关便利化建设，优化出口商品结构，提升出口竞争力，实现出口市场多元化。
　　（1）贸易转移效应推进云南省自主创新体系和通关便利化建设
　　关税降低导致的贸易创造效应将大于贸易转移效应，中国—东盟经济合作专家组通过静态模型分析研究表明，自贸区建成后中国对东盟的出口平均增幅为55.1%。由于周边逐步增加5亿人口的东盟大市场，为云南提供一个更为广阔的市场空间，市场扩大引致的规模效应，东盟将从自贸区外发达国家的进口转向自中国进口，对云南省出口商品的附加值含量提出了更高要求，这将促进云南省自主创新体系建设，提升出口产品附加值，从而提高出口竞争力。
　　目前，我省的通关尚未完全实现便利化，口岸基础设施建设还不完备，自贸区建成后，自由贸易要求标准和认证统一，减少因通关和标准、认证相关的技术条例不统一带来的障碍，对云南省通关便利化提出更高要求，将促进云南省基础设施和通关便利化建设。
　　（2）通过互补性贸易优化贸易结构
　　通过与东盟互补货物贸易的发展，将促进我省贸易结构的进一步优化。云南与东盟在资源构成、产业结构和工农业产品等方面各具特色，互补性很强。在产业结构方面，呈现新加坡和文莱（第一阶梯）-云南和其他老东盟国家（第二阶梯）-新东盟四国（第三阶梯）的阶梯状分布，具有互补性。在出口商品结构方面，东盟国家在自然资源密集型产业比较优势明显，云南在劳动密集型产业和技术密集型产业有比较优势。产品方面，云南省在化工深加工产品、有色金属、机电产品、金属制品、烟草和农副产品、温带植物、能源产品、纺织品及服装等具有优势；东盟在金属矿砂、木材、橡胶制品、初级化工产品、农产品、热带植物等具有优势。双方产品互补性很强。伴随着双边贸易的增长，云南具有比较优势的产品出口将会增多，机电产品特别是高新技术产品的比重将会有明显增大，贸易结构也将进一步优化，减少因市场波动和贸易保护主义带来的出口风险，促进出口市场多元化战略的实现。

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