在日本，“安全”“安心”是国民普遍关注的课题，尽管国产食品较进口食品价格高出几成甚至几倍，但是，消费者在购买食品时，仍然将本国产品作为首选，反映出日本民众对国产食品及食品安全管理体系具有很强的信心。
　　1、在法律上实现“公共卫生”向“国民健康”、“单一管理”向“全过程管理”、“政府管理为主”向“食品业者自觉管理”转变
　　在日本，食品安全管理有一个完整的法律体系，与食品有关的法律多达13个。在经历了BSE等重大食品事件之后，日本于2003年对《食品安全基本法》、《食品卫生法》等法律从立法宗旨到实施内容都作了较大的调整。修改后的《食品安全基本法》特别强调食品业者有义务“从农场到餐桌”的各阶段都采取确保食品安全的措施。在政府以检查和许可方式对食品质量进行监督的同时，食品业者在资材的流通、使用，农产品、食品的加工，进口和流通环节也采取了防止危害发生的措施，并成为自己的责任和自觉自愿的行为。同样，修改后的《食品卫生法》也将立法宗旨从“确保公众卫生”向“保护国民健康”转变，即将以往“社会防护”的概念向以个人为关注点的“国民健康保护”的方向转变。该法除明确政府部门责任义务外，还重点规定了食品业者的责任，将保证食品原料安全、实施自主检查、建立食品生产记录等义务化。
　　2、政府管理资源集中，以保护本国国民生命健康为目标
　　日本对食品、农产品的管理主要由农林水产省和厚生劳动省负责。前者负责农产品生产、运输、加工、流通及农药等管理，后者负责食品加工、流通、餐饮以及进口食品管理。各地方政府都设有农业局、厚生局、保健所等部门，具体实施政府的法律和政策。
　　日本食品管理以国内为立足点，出口食品则由企业根据出口合同和出口国食品安全要求进行生产，政府没有特殊管理规定。事实上，日本是通过提高国内食品整体质量安全水平来间接提高出口食品质量，保证日本食品的国际声誉，两者互为因果关系。
　　3、食品安全委员会作用关键，引人瞩目
　　2002年，日本内阁府新设食品安全委员会。该委员会不受政治和业界的影响，独立于各政府部门之外，从公正、客观的立场对食品健康影响进行风险评估。根据评估结果，对各大臣发出政策建议，并对政策的实施进行评估。委员会的建立使得日本食品安全整体水平得以系统化提升，特别对食品标准的制定、修改等实行统一组织和领导，对有效监督政府部门的食品政策和食品标准发挥了重要作用。
　　根据食品安全需要，日本利用其强大经济实力和科技实力，建立了范围广、数量大、数值严、更新快的完备的食品标准体系。以农药残留标准为例，日本建立了2470项正式标准和51392项暂定标准，并配以“一律标准”，涵盖面很宽。通过建立标准体系，既提升了本国食品安全整体水平，还可借此根据国内需求，调控国外产品进入本国市场。
　　4、把农药管理作为提高食品安全质量的关键点
　　日本高度重视对农用物资，特别是农药的管理。2003年修订的《农药取缔法》规定，禁止使用未经登记的农药，在法律上堵住了以往只禁止销售但对农药使用未作任何规定的漏洞。同时，法律还对使用未经登记农药的处罚、回收未登记农药以及农药的标识等作出了明确规定。
　　5、积极引入以食品业者为主体的食品安全管理新制度，提高管理有效性，降低政府管理成本
　　如前所述，近年来，日本食品管理观念发生较大转变：食品业者被推到管理的前台，目的是发挥其主观能动性，使之成为食品安全管理的主角，政府主要负责制定规则，并进行引导和监督。HACCP、GAP、ISO9000、ISO22000、食品溯源制度等都是政府从这一角度出发，积极从欧美国家引进的食品安全管理新制度。
　　HACCP、GAP、ISO9000、ISO22000等制度各有所长，在农产品食品的生产、加工、销售等各个环节都建立了一套完整的管理体系。特别是这些制度普遍具有的自我约束和相互制约机制，将食品安全管理由表及里渗透到业者的各个环节，实现了以前政府想做却很难做甚至无法做到的事情。例如，出口欧洲的食品必须进行HACCP认证，否则食品就无法进入欧洲市场。如果要获得HACCP认证，就必须符合其具体的管理标准，而且要接受经销商、第三方定期的符合性检查。
　　“食品溯源制度”也是日本政府目前正在大力推广的一项食品安全管理新制度，目的是利用当今发达的信息技术，对每一件产品建立生产、加工、流通所有环节的“履历”，将其产地、农药使用情况、生产者、加工者、销售者等通过电子信息进行记录，一旦出现问题，通过记录就能够迅速找到原因，从而避免鱼目混珠、无从查找的现象出现。如为保证销售日本和牛的品质，商场出售的和牛都会有一个电子标签，一经扫描，所有履历一目了然。